Территория ЗАТО находится в восточных предгорьях южного Урала между озёрами Синара, Силач, Сунгуль, Иткуль. Сам город расположен на южном берегу озера Синара.
В состав территории муниципального образования «Город Снежинск» входят территория города Снежинска, территории сельских населённых пунктов посёлка Ближний Береговой, посёлок Сокол и деревня Ключи.
